AVOGADRO
Pada pembahasan kali ini akan membahas mengenai tutorial Avogadro.
Avogadro adalah
software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem
operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara
fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu
material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan
pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah
GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya
sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa
dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan secara langsung
dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya
terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”, alat yang
memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi
mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk
diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih,
termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya
beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk
Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan
mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan
komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang,
termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan
untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia
komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )
Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang
cara menggunakan aplikasi avogadro.
Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan
muncul tampilan seperti dibawah ini.
Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda
bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set
background color. Pilih warnayang Anda kehendaki
Hasilnya :
Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara
yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di
bawah ini.
Langkah selanjutnya
adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan
Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw
Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena
ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar
molekul pada lembar kerja.
Sudut yang terbentuk
pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat
adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.
Hasilnya adalah:
Kita bisa memodifikasi
gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk
memunculkan angka pada setiap atom. Caranya hanya check pada label yang ada di
Display types
Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals
Spheres”
Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya
adalah klik pada gambar:
Sekian dulu ya. Semoga bermanfaat ... :)
0 komentar:
Posting Komentar