JMOL
Pada postingan saya
kali ini, saya akan membahas tutorial dari JMOL.
Jmol
adalah software visualisasi struktur molekul dalam bentuk tiga dimensi yang
ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca
berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti
VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari
program kuantum.
Jmol
merupakan aplikasi yang gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga
dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang
menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform,
yakni dapat berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix.
Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari
program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame.
Untuk
memulai menggunakan Jmol pertama-tama tentu kita buka aplikasi Jmol, diaman
tampilan awal aplikasi ini adalah sebagai berikut :
Pada
tulisan kali ini, untuk memudahkan penjelasan tentang jmol, saya akan
memberikan contoh dengan membuat model struktur isobutanol.
Untuk
pertama kali klik ikon ‘open the model kit’ pada toolbar. pertama-tama buatlah
struktur molekul isobutana yang terdiri dari 4 atom C, 3 rantai induk dan 1
cabang.
Buat gugus OH untuk
membuat isobutanol dengan cara klik kanan rantai atom C induk terakhir,
gantilah atom C dengan atom O. klik pada atom C tersebut dan tarik hingga
muncul aatom H berwarna merah.
Kita
juga dapat merubah warna background sesuai dengan warna yang kita sukai dengan
cara klik pada ikon Rotate Molecule, klik kanan pada background, klik color,
kemudian klik background dan pilih warna yang anda inginkan.
Selain
itu dengan aplikasi Jmol kita juga dapat melihat molekul yang kita buat dengan
tampilan tertentu seperti tampilan Dot, tampilan Van Der Waals dan tampilan
lainnya dengan cara klik kanan, klik surface dan sesuaikan tampilan dengan yang
dikehendaki.
Anda
juga dapat memberi nama pada gambar yang dibuat dengan cara klik display-label
dan pilih Name untuk menamai unsur tersebut. selain itu kita juga dapat
menamainya dengan nomer. Pada aplikasi ini juga dapat menghitung jarak antar
atom.
Anda
juga dapat memutar gambar untuk mendapatkan sudut pengamatan tertentu dengan
cara klik kanan pada background lalu klik spin.
Sekian postingan untuk hari ini. Semoga bermanfaat ...
J
0 komentar:
Posting Komentar